С помощью функции Редактировать - Выбрать - Свободные узлы можно выбрать узлы, которые не имеют ссылки на другие объекты.
В нашем примере узел 5 не выбирается, хотя, казалось бы, к нему не подключено ни одного объекта.
Причину можно найти в информации о ссылке. Узел 5 определен как интегрированный узел поверхности 1. Если вы не интегрируете его автоматически, ссылка будет снята, и этот узел будет считаться свободным узлом.